O Núcleo da Junta de Julgamento da Aeronáutica (JJAER) foi oficialmente instituído em 18 de janeiro de 2011, em uma Sessão Magna realizada no Auditório do 12º andar do Edifício do Comando da Aeronáutica, no Rio de Janeiro.
Aberta pelo Vice-Diretor do Departamento de Controle do Espaço Aéreo (DECEA) a época, Major-Brigadeiro-do-Ar Rafael Rodrigues Filho, a Sessão deu voz a apresentação do Decreto nº 7245 de 28 de julho de 2010, que cria a referenciada Organização, bem como as demais Portarias que designam seus membros, competência, organização, funcionamento, procedimentos, dentre outros.
Continuando a tarefa, antes desempenhada pelo extinto Departamento de Aviação Civil (DAC) e, posteriormente, pela Agência Nacional de Aviação de Civil (ANAC), a JJAER compete, hoje, julgar as infrações referentes às normas do SISCEAB, em particular as Infrações de Tráfego Aéreo.